7 апреля 2008, 17:42

IBM и Университет Эдинбурга используют в борьбе со СПИДом компьютер

IBM и Университет Эдинбурга используют самый совершенный в мире суперкомпьютер для решения проблемы нейтрализации вируса СПИД до того, как он поражает клетки человека

Исследователи из Университета Эдинбурга (University of Edinburgh) и научного центра IBM имени Т. Дж. Уотсона ( IBM TJ Watson Research Center) объявили сегодня о запуске совместного 5-летнего проекта, целью которого является ускорение разработки лекарств, препятствующих распространению вируса иммунодефицита человека ( HIV, ВИЧ). Проект предусматривает, наряду с проведением лабораторных экспериментов, применение суперкомпьютера для моделирования процессов, происходящих на клеточном уровне.

В проекте будут использованы мощные вычислительные технологии, в частности, суперкомпьютер IBM Blue Gene, в сочетании с новой экспериментальной методикой. Основные усилия будут сконцентрированы на исследовании собственно процесса инфицирования путем разработки ингибиторов (замедлителей химических реакций и биологических процессов) для той части вируса иммунодефицита человека, который отвечает за внедрение генетического материала ВИЧ в человеческую клетку.

«Первые результаты, полученные нами, весьма обнадеживают. Они подтверждают возможность использования моделирования процессов на компьютере, чтобы узнать, какие молекулы ингибиторов способны остановить вирус ВИЧ и предотвратить заражение людей. Эти данные могут быть затем использованы фармацевтическими компаниями для быстрой разработки соответствующих лекарств, — говорит Джейсон Крейн (Jason Crain) из физического факультета (School of Physics) Университета Эдинбурга, который также является научным руководителем отделения Национальной физической лаборатории Великобритании. — Это принципиально новый подход в создании лекарств. Мы используем сложные алгоритмы моделирования в сочетании с экспериментальными методиками для разработки улучшенных способов лечения, и у нас есть возможность привлечь огромные вычислительные ресурсы, что делать эту работу быстро, эффективно и рационально».

Основные усилия участников проекта будут сконцентрированы на исследовании процесса инфицирования – для более глубокого и системного понимания того, как вирус HIV-1 атакует клетку и внедряется в ее генетический материал. Ученые изучают фрагмент поверхностного белка вируса (пептида), который в наибольшей степени определяет ответную реакцию иммунной системы человека на вирусную атаку. Понимание структуры и поведения пептида даст возможность одновременно разработать множество лекарств комбинированного (или совместного) применения для борьбы с инфицированием.

«Одна из важнейших задач современной медицины состоит в поиске вакцины против вируса СПИД, — подчеркивает исследователь из IBM Гленн Мартуна (Glenn Martyna). — Сочетая экспериментальные исследования Университета Эдинбурга с возможностями моделирования на самом мощном в мире суперкомпьютере IBM Blue Gene, мы сможем еще ближе приблизиться к этой цели».

Университет Эдинбурга находится на переднем крае использования технологий высокопроизводительных вычислений, предоставляя возможности решения широкого спектра задач на суперкомпьютере многим университетам в Европе. В 2004 году Университет Эдинбурга развернул первый в Европе суперкомпьютер серии IBM Blue Gene для помощи британским ученым в проведении самых разнообразных научных исследований, требующих выполнения ресурсоемких вычислений.

Анонсированный сегодня совместный проект, реализуемый в рамках сотрудничества Университета Эдинбурга и IBM, использует атомистические способы моделирования и специальное программное обеспечение, выполняемое на суперкомпьютере с массовым параллелизмом IBM BlueGene/L, в комбинации с высокоточными экспериментальными методиками для исследования свойств аминокислот и малых пептидов («строительных блоков белка»). Результаты этих исследований будут играть ключевую роль в создании нового метода антивирусной терапии, основанного на одновременной разработке множества лекарств для комплексной борьбы с мутирующим вирусом.

В последние несколько лет следующее поколение суперкомпьютеров IBM с массовым параллелизмом доминируют в рейтинговом списке Top 500 самых высокопроизводительных вычислительных систем в мире. Использование этих машин и создание еще более быстрых и мощных моделей зависит от разработки вычислительных методов и алгоритмов, которые эффективно реализуются на этих компьютерных архитектурах.

Это не первый глобальный проект по борьбе со СПИД, в котором примет участие корпорация IBM. В прошлом году исследовательская лаборатория IBM в Хайфе (IBM Haifa Research Laboratories) в сотрудничестве с группой европейских партнеров разработала интегрированную систему лечения СПИД под названием EUResist. Благодаря интеграции баз данных и передовых средств анализа данных, система EUResist может прогнозировать реакцию генетических модификаций ВИЧ на определенную антивирусную терапию. Возможности EUResist, таким образом, позволят врачам выбирать наиболее эффективные лекарства и их комбинации, и оптимизировать методы лечения.

Тема: Эдинбургские ученые использую суперкомпьютеры в поиске новых способов создания вакцин против ВИЧ-инфекции

3 апреля 2008 года — Исследователи из Университета Эдинбурга (University of Edinburgh) и корпорации IBM используют высокопроизводительные вычислительные технологии, в частности, самый мощный в мире суперкомпьютер IBM Blue Gene, для реализации нового подхода в разработке лекарств, препятствующих распространению вируса иммунодефицита человека ( HIV).

Основные усилия участников проекта будут сконцентрированы на исследовании процесса инфицирования, чтобы глубже понять, как вирус HIV-1 атакует клетку человека. Большинство методов борьбы с ВИЧ все еще ориентируются на поведение вируса в организме человека после инфицирования, когда вирус начинает размножаться и распространяться по всему организму с потоком крови. Новый проект нацелен на предотвращение собственно процесса инфицирования.

Идея состоит в том, чтобы использовать суперкомпьютеры и сложные вычислительные алгоритмы для моделирования процессов, демонстрирующих, как вакцины различного состава могут препятствовать заражению ВИЧ и уничтожать вирус до его инфицирования клетки, а также как вирус может мутировать для противодействия вакцине.

Основная задача проекта – значительно сократить время, которое требуется на изучение различных вакцин, и свести к минимуму число «переменных» параметров в экспериментах. Конечная цель – активизировать исследования и ускорить разработку лекарств, препятствующих распространению ВИЧ-инфекции.

Участниками совместного проекта выступают Университет Эдинбурга (University of Edinburgh), Великобритания, исследовательский центр IBM имени Т. Дж. Уотсона, штат Нью-Йорк, США (IBM TJ Watson Research Center), штат Нью-Йорк, США, и Национальная физическая лаборатория в Мидлсексе, Великобритания. Университет Эдинбурга находится на переднем крае использования технологий высокопроизводительных вычислений, предоставляя возможности решения широкого спектра задач на суперкомпьютере многим университетам в Европе.

Представители организаций-участников проекта, доступные сегодня для интервью: Джейсон Крейн (Jason Crain) из физического факультета (School of Physics) Университета Эдинбурга, который также является научным руководителем отделения (Divisional Head of Science) Национальной физической лаборатории Великобритании (National Physical Laboratory), Каролина Исаак (Caroline Isaac), руководитель отделения IBM UK Deep Computing, и Гленн Мартуна ( Glenn Martyna), исследователь из научного центра IBM имени Т. Дж. Уотсона.

Оцените новость:
  • 1 оценка